El Deportivo Alavés «C» fue el segundo conjunto filial del club entre los años 2000 y 2005. Disputó todas las temporadas en Tercera División, equipacion mexico 2022 aunque desde su fundación en 1980 había estado vinculado al fútbol base del club babazorro. El Deportivo Alavés «B» es el equipo filial del club desde su fundación en 1960 y juega actualmente en Segunda División «B».
